HIV-Medikamente sind stark wirksame Medikamente und können Nebenwirkungen haben. Daher ist nach Therapiebeginn eine regelmäßige Kontrolle beim Arzt notwendig. Dabei werden z.B. die weißen und roten Blutkörperchen sowie Leber- und Nierenwerte bestimmt. Als kurzfristige Nebenwirkungen, die meist nach einigen Tagen von selbst verschwinden, können z.B. Durchfall, Übelkeit, Erbrechen und Schlafstörungen auftreten.
Auf lange Sicht kann es z.B. zu einer Erhöhung der Blutfette kommen.